๋ถ๋ฅ ์ ์ฒด๋ณด๊ธฐ159 Singularity ์ด์ ๋ฒ์ Old version ์ญ์ remove Singularity ๋ฒ์ ์ ๊ทธ๋ ์ด๋๋ ๋ฒ์ ๋ณ๊ฒฝ์ ์ํด์ ์ ์ฒด๋ฅผ ์ญ์ ํ๋ ๊ฒฝ์ฐ ์๋์ ๋ช ๋ น์ด๋ก ์ญ์ ํ๋ฉด ๋๋ค. sudo rm -rf \ /usr/local/libexec/singularity \ /usr/local/var/singularity \ /usr/local/etc/singularity \ /usr/local/bin/singularity \ /usr/local/bin/run-singularity \ /usr/local/etc/bash_completion.d/singularity ๊น๋. ์์. 2021. 10. 5. Singularity - cached file hash and expected hash does not match ๋ฌธ์ ํด๊ฒฐ singularity pull library://lolcow ์์ ๋ช ๋ น์ด๋ฅผ ์ ๋ ฅํ์ ๋ ์๋์ ๊ฐ์ด ์๋ฌ๊ฐ ๋ฐ์ํ๋ค. error fetching image๋ก ์์ํ๋ ๋ถ๋ถ์ด๋ค. cached file hash and expected hash does not match๋ผ๊ณ ์๋ฌ๊ฐ ๋ฐ์ํ๊ณ ์๋ค. INFO: Downloading library image 639.0b / ??? [===================================================] 927.9 KiB/s FATAL: While pulling library image: error fetching image: cached file hash(sha256.74c12dc5a0e309a82b73ac30eeedfb9f9af2c43c3.. 2021. 10. 3. ๋ฆฌ๋ ์ค(Linux) ์ฐ๋ถํฌ(Ubuntu) Singularity ์ค์น ๋ฐฉ๋ฒ Singularity๋ ๋์ปค(Docker)์ ์ ์ฌํ ์ปจํ ์ด๋(Container) ์์คํ ์ผ๋ก ๋์ปค์ ๋๊ฐ์ง ๋จ์ (ํ์ผ ์์คํ ๊ฒฉ๋ฆฌ, ์ฌ์ฉ์ ID ๋ฌธ์ )์ ํด๊ฒฐํ ์์คํ ์ผ๋ก ๋ฐฐ์น ๋ฐ์ดํฐ ์ฒ๋ฆฌ ๋ฑ์ ๋ค๋ฃจ๋ ๋ฌธ์ ์ ๋ฐ๋ผ ๋์ปค๋ฅผ ๋์ฒดํ ์ ์์ต๋๋ค. ๋ค๋ง, ๋์ปค์ ์ํ๊ณ๊ฐ ํจ์ฌ ํฌ๊ณ ๊ฐ์ฅ ๋์ธ๋ก ๊ตฌ์ถ๋์ด์๊ธฐ ๋๋ฌธ์ ์ผ๋ฐ์ ์ธ ์ปจํ ์ด๋ ์์คํ ์ ์ด์ฉํ๊ณ ์ ํ๋ ๊ฒฝ์ฐ ๋์ปค๋ฅผ ์ฌ์ฉํ๋ ๊ฒ์ด ์ฌ๋ฌ๋ชจ๋ก ๋ฐ๋์งํ ๊ฒ์ ๋๋ค. โปSingularity๊ฐ ๋์ปค์ ๋ฌธ์ ๋ฅผ ํด๊ฒฐํ ๋ฐฉ๋ฒ ์ปจํ ์ด๋๋ ํธ์คํธ ํ์ผ ์์คํ ์ ์๋์ผ๋ก ์ก์ธ์คํ ์ ์์์ต๋๋ค( $HOME, $PWD, ๋ฐ /tmp์๋์ผ๋ก ๋ง์ดํธ๋จ). ์ปจํ ์ด๋๋ ํ์ฌ ์ฌ์ฉ์๋ก ์๋์ผ๋ก ์คํ๋ฉ๋๋ค. ๋ณธ ํฌ์คํ ์์๋ ์ด๋ฌํ ์ปจํ ์ด๋ ์์คํ ์ธ Singularity์ ์ค์น ๋ฐฉ๋ฒ์ ์์๋ณด๊ฒ ์ต.. 2021. 10. 2. ๋ฆฌ๋ ์ค(Linux) ์ฐ๋ถํฌ(Ubuntu) ํ๋๋์คํฌ ์ ํํฐ์ ํ(home) ๋๋ ํ ๋ฆฌ ๋ง์ดํธ(mount) ํ๋ ๋ฐฉ๋ฒ ์ฐ์ ํํฐ์ ๊น์ง๋ ๋๋์ด ๋์๋ค๊ณ ๊ฐ์ ํ๊ฒ ๋ค. ์ด๋ฏธ ํํฐ์ ์์ ์ด ๋๋ ๋ค์ ํฌ์คํ ํ๋ ๊ธ์ด๋ผ ๋ง์ดํธ ๋ถ๋ถ๋ง์ ๋ค๋ฃจ๋๋ก ํ๊ฒ ๋ค. 1. ํํฐ์ ํ์ธ ์ด ๋ ํํฐ์ ์ ํ์ธํ๊ธฐ ์ํ ๋ช ๋ น์ด๋ ์๋์ ๊ฐ๋ค. sudo fdisk -l ๋ด ๊ฒฝ์ฐ๋ ๋๋ต ์๋์ ๊ฐ์ด ๋ณด์๋ค. Disk /dev/sda: 2.75 TiB, 3000592982016 bytes, 5860533168 sectors Disk model: WDC WD3003FZEX-0 Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes Disklabel t.. 2021. 10. 1. ์ฐ๋ถํฌ(Ubuntu)์์ OpenBLAS ์ค์นํ๋ ๋ฐฉ๋ฒ OpenBLAS๋ Ubuntu์ ๊ธฐ๋ณธ์ผ๋ก ์ค์น๋ BLAS(Basic Linear Algebra Subprograms)๋ ์๋๊ฐ ๋๋ฆฌ๊ธฐ ๋๋ฌธ์ ๋์ฉํ์ผ๋ก ์ฃผ๋ก ์ฌ์ฉ๋๋ค. OpenBLAS๋ฅผ ์ปดํ์ผํ๊ธฐ ์ํด์๋ fortran ์ปดํ์ผ๋ฌ์ธ gfortran์ด ํ์ํ๊ธฐ ๋๋ฌธ์ ์๋์ ๊ฐ์ด ์ค์น ๋ช ๋ น์ด๋ฅผ ์ ๋ ฅํ๋ค. Ubuntu 20.04 LTS ํ๊ฒฝ์์ ์คํํ์๋ค. sudo apt-get install gfortran ์๋์ ๋ช ๋ น์ด๋ก GitHub์์ ์ ์ฅ์๋ฅผ ๋ณต์ ํ์ฌ ๊ฐ์ ธ์จ๋ค. git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git ์๋์ ๋ช ๋ น์ด๋ก ๋ฐ์์จ ์ ์ฅ์์ ์์น๋ก ์ด๋ํ๋ค. cd OpenBLAS ๋ด ๊ฒฝ์ฐ๋ cp2k๋ผ๋ ๋ผ์ด๋ธ๋ฌ๋ฆฌ๋ฅผ ์ค์นํ๊ธฐ ์ํด์ OpenBLAS๊ฐ ํ์ํ๊ธฐ ๋๋ฌธ์.. 2021. 9. 30. ์ฐ๋ถํฌ(Ubuntu) OpenMPI ์ค์นํ๊ธฐ ๋ฐฉ๋ฒ ๋ณ๋ ฌ์ฐ์ฐ์ ๋ํ์ ๊ธฐ์ ์ธ MPI(Message Passing Interface) ๊ธฐ๋ฐ์ ์คํ์์ค ํ๋ก์ ํธ์ธ OpenMPI ์ค์นํ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์์๋ณด๊ฒ ์ต๋๋ค. ์ค์น ํ๊ฒฝ์ ์ฐ๋ถํฌ LTS(Long Term Support) ๋ฒ์ ์ ์ต์ ๋ฒ์ ์ธ 20.04์์ ์ค์นํ์์ต๋๋ค. ์ค์น ๋ฐฉ๋ฒ 1. OpenMPI ํ์ผ์ ๋ค์ด๋ก๋ https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.1.tar.gz 2. ๋ค์ด๋ก๋ ๋ฐ์ ํ์ผ ์์ถ ํด์ tar -xvf openmpi-4.1.1.tar.gz 3. ์์ถ ํด์ ํ ํด๋๋ก ์ด๋ํ์ฌ ํ๊ฒฝ ์ค์ cd openmpi-4.1.1 ./configure --prefix=/usr/local ์ฌ๊ธฐ๊น์ง ์๋ฃ ๋๋ฉด ๊ธด output ๋ฉ์์ง๊ฐ ์ถ๋ ฅ๋.. 2021. 9. 17. ๋ค์ด๋ฒ ๋ธ๋ก๊ทธ ๋ฐฉ๋ฌธ์์ ํ์ธ ํ๋ 2๊ฐ์ง ๋ฐฉ๋ฒ(์ ์ฒด ๋ฐฉ๋ฌธ์, ํฌ๋ฐ์ด ์นด์ดํฐ ํฌํจ) ์๋ ํ์ธ์. ์ต์ ๋๋ค. ์ด ๊ธ์ ๋ค์ด๋ฒ๊ฐ ๊ทธ๋ค์ง ์ข์ํ์ง ์์ ์๋ ์์ ๊ฒ ๊ฐ์, ํฐ์คํ ๋ฆฌ ๋ธ๋ก๊ทธ์์ ํฌ์คํ ํ๊ฒ ๋์์ต๋๋ค. ์ ๊ฐ ์ข ์ข ์ฐ๋ ๊ธฐ๋ฅ์ด๊ณ , ๋๋ฆ ๊ฟํ์ด๋ผ ์๊ฐํ์ฌ ์ ๋ฆฌํด๋ด ๋๋ค. 1. ๋ชจ๋ฐ์ผ ๋ฒ์ ์ผ๋ก ๋ฐฉ๋ฌธ์์ ํ์ธํ๊ธฐ ํ ์คํธ๋ ๋ค์ด๋ฒ ๋ธ๋ก๊ทธํ ๊ณต์ ๋ธ๋ก๊ทธ๋ฅผ ํ์ฉํ์ฌ ํ ์คํธ๋ฅผ ์งํํด๋ณด๊ฒ ์ต๋๋ค. ๋ค์ด๋ฒ ๋ธ๋ก๊ทธํ ๊ณต์ ๋ธ๋ก๊ทธ ์ฃผ์: https://blog.naver.com/blogpeople ๋ค์ด๋ฒ ๋ธ๋ก๊ทธํ ๊ณต์๋ธ๋ก๊ทธ : ๋ค์ด๋ฒ ๋ธ๋ก๊ทธ ๋ค์ด๋ฒ ๋ธ๋ก๊ทธํ์ ๋๋ค. ์ฌ๋ฌ๋ถ์ ์ฌ๋๊ณผ ๊ด์ฌ์ผ๋ก ์๋ก์ด์์ด ๊ฐ๋ ์ฐผ์ต๋๋ค. ์ด์์ผ๋ก ์ถ๊ฐํด์ฃผ์ธ์. blog.naver.com PC์์ ๋ค์ด๋ฒ ๋ธ๋ก๊ทธํ ๊ณต์ ํํ์ด์ง๋ฅผ ๋ค์ด๊ฐ๋ณด๊ฒ ์ต๋๋ค. ์ ์ด์ ์ด๊ณณ์๋ ํฌ๋ฐ์ด ์นด์ดํฐ๊ฐ ๋ฌ๋ ค์์ต๋๋ค. ์ฌ์ค ๊ทธ๋์ ๊ตณ์ด ์ด ๊ธฐ๋ฅ์ ํ์ธํ .. 2021. 8. 17. Nvidia GPU ๊ทธ๋ํฝ ์นด๋ ํฌ ์๋ ์ค๋ฒํด๋ญ ์ต์ ์ผ๊ธฐ(nvidia-settings) nvidia ๊ทธ๋ํฝ ์นด๋ ์ค์ ์ Linux ์ด์์ฒด์ ์ ๊ฒฝ์ฐ(์ ๊ฒฝ์ฐ Ubuntu18.04์ Ubuntu20.04) ์๋์ ์ฃผ์์ ์์ต๋๋ค. Nvidia ๊ทธ๋ํฝ ์นด๋ ์ค์ ํ์ผ ์์น /etc/X11/xorg.conf nvidia-settings์ ์ถ๊ฐ ์ต์ ํ์ฑํ ๋ฐฉ๋ฒ ๋ฆฌ๋ ์ค ํฐ๋ฏธ๋์ ๊ฒฝ์ฐ๋ ๊ฐ๋จํ๊ฒ ์๋์ ๋ช ๋ น์ด๋ง ์ ๋ ฅํด์ฃผ๊ณ ์ฌ๋ถํ ์ ํด์ฃผ๋ฉด ๋ฐ๋ก ๊ทธ๋ํฝ ์นด๋ ํฌ ์๋ ์ต์ ๊ณผ ์ค๋ฒํด๋ญ ์ต์ ์ ํ์ธํ ์ ์์ต๋๋ค. nvidia-xconfig --cool-bits=28 ์๋๋ฉด ์๋์ ๋ช ๋ น์ด๋ฅผ ํตํด ์ง์ cool-bits๋ฅผ ๋ณ๊ฒฝํด์ฃผ๋ฉด ๋๋๋ฐ ๋ค์ ์ฑํฐ๋ฅผ ์ฐธ๊ณ ํ์๊ธฐ ๋ฐ๋๋๋ค. sudo vi /etc/X11/xorg.conf ์ฌ๋ถํ ์ ์๋ฃํ๋ค๋ฉด ํฐ๋ฏธ๋์์ nvidia-settings ๋ช ๋ น์ด๋ฅผ ์ ๋ ฅํ๊ฑฐ๋ ๋ค๋ฅธ ์ด์์ฒด.. 2021. 7. 22. ์๋ฒ๋ ธํธ ๋ ์ง ์๊ฐ ๋จ์ถํค ์ ๋ ฅํ๋ ๋ฐฉ๋ฒ ์๋ฒ๋ ธํธ์์ ๋ ์ง๋ ์๊ฐ์ ๋จ์ถํค๋ก ์ ๋ ฅํ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์๋ ค๋๋ฆฌ๋๋ก ํ๊ฒ ์ต๋๋ค. ํด๋น ๊ธฐ๋ฅ Evernote์ ๋จ์ถํค๋ ์๋์ ๊ฐ์ฃ . ๋ ์ง : Shift + Alt + D ์๊ฐ : Shift + Ctrl + D ๋ ์ง: ์ ๋ชฉ์ด๋ ๋ด์ฉ์์๋ , Shift+Alt+D ๋ฅผ ๋๋ฅด๋ฉด ๋ฉ๋๋ค. ์๊ฐ: ์ ๋ชฉ์ด๋ ๋ด์ฉ์์๋ , Shift+Ctrl+D ๋ฅผ ๋๋ฅด๋ฉด ๋ฉ๋๋ค. Alt์ Ctrl์ด ์ฐจ์ด์ ๋๋ค. ์ต์ ๋ฒ์ ์์๋ ๊ณผ๊ฑฐ Date์ ์ฒด๋ฅผ ์ ๋ ฅํด์ฃผ๋ Ctrl + ; ์ด ๋จนํ์ง๋ฅผ ์์์ ์ด๋ ๊ฒ ์ฐ๊ณ ์์ต๋๋ค. (ํธํ๋๋ฐ...) ๋์์ด ๋์ จ๊ธฐ๋ฅผ ๋ฐ๋ผ๋ฉฐ. 2021. 7. 8. ์ด์ 1 2 3 4 5 6 7 8 ยทยทยท 18 ๋ค์