리눅스(Linux) 우분투(Ubuntu) Singularity 설치 방법

리눅스(Linux)에서 Singularity 설치하는 방법

 

Singularity는 도커(Docker)와 유사한 컨테이너(Container) 시스템으로 도커의 두가지 단점(파일 시스템 격리, 사용자 ID 문제)을 해결한 시스템으로 배치 데이터 처리 등의 다루는 문제에 따라 도커를 대체할 수 있습니다.

다만, 도커의 생태계가 훨씬 크고 가장 대세로 구축되어있기 때문에 일반적인 컨테이너 시스템을 이용하고자 하는 경우 도커를 사용하는 것이 여러모로 바람직할 것입니다.

※Singularity가 도커의 문제를 해결한 방법

1. 컨테이너는 호스트 파일 시스템에 자동으로 액세스할 수 있었습니다( $HOME, $PWD, 및 /tmp자동으로 마운트됨).
2. 컨테이너는 현재 사용자로 자동으로 실행됩니다.

 

본 포스팅에서는 이러한 컨테이너 시스템인 Singularity의 설치 방법을 알아보겠습니다. Singularity 버전은 최신버전인 3.8로 선택하였으며, 작업 환경은 우분투(Ubuntu) 20.04 LTS입니다.

 

 1. 의존성 패키지 설치

저는 우분투(Ubuntu) 환경에서 사용하였기 때문에 apt-get을 이용하여 의존성 패키지를 설치하였습니다.

sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \
    build-essential \
    libssl-dev \
    uuid-dev \
    libgpgme11-dev \
    squashfs-tools \
    libseccomp-dev \
    wget \
    pkg-config \
    git \
    cryptsetup

 

 2. Go 설치

Go는 프로그래밍 언어의 하나로, Singularity를 설치하기 위해서는 Go를 설치해야 합니다. Go 웹사이트에서 직접 보면서 설치해도 됩니다만, 최신 버전이 Singularity 설치 매뉴얼과 버전이 맞지 않습니다. 그래서 아래의 명령어를 그대로 사용해서 설치하시기를 추천드립니다. Go 설치 방법 시작합니다.

export VERSION=1.16.4 OS=linux ARCH=amd64 && \  # Replace the values as needed
  wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && \ # Downloads the required Go package
  sudo tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz && \ # Extracts the archive
  rm go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz    # Deletes the ``tar`` file

이와 같이 하면 /usr/local 디렉토리 아래의 경로에 go 디렉토리가 생성됩니다. 이를 사용하기 위해서는 환경변수 설정을 해주어야 하는데, home 경로의 .bashrc에 아래와 같은 명령어를 통해 한번에 환경변수를 설정해줍니다.

echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc && \
  source ~/.bashrc

혹시 Go의 다른 버전이 설치되어 있어서 충돌이 날 경우 아래의 명령어를 통해 go를 완전 삭제하시기 바랍니다. 해당 명령어가 수행 된 뒤에 위의 순서대로 다시 한번 수행하시기를 바랍니다.

rm -rf /usr/local/go

 

  3. Singularity 설치

이제 Singularity를 설치할 차례입니다. 앞서 의존성 있는 패키지들과 Go가 제대로 설치되었다면, 아래의 명령어로 Singularity를 설치할 수 있습니다.

export VERSION=3.8.1 && # adjust this as necessary \
    wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && \
    tar -xzf singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && \
    cd singularity-ce-${VERSION}

 

여기까지 완료되면, Singularity 저장소(Repository)에서 소스(Source)를 받아온 상태입니다. 소스 상태이기 때문에 실행파일을 만들기 위해 컴파일이 필요합니다. 위의 명령어를 입력했다면 singularity 경로에 위치하고 있기 때문에 바로 아래의 명령어를 실행해줍니다.

./mconfig && \
    make -C builddir && \
    sudo make -C builddir install

여기까지 완료가 되었다면, bash 상태에서 singularity 설치 여부를 확인할 수 있습니다.

singularity --version

이렇게 입력했을 때 아래와 같이 나오면 정상 설치가 완료된 것입니다.

singularity-ce version 3.8.1

 

---

참고사이트

1. Singularity 설치 매뉴얼: https://sylabs.io/guides/3.8/user-guide/quick_start.html#quick-installation-steps

Quick Start — SingularityCE User Guide 3.8 documentation

2. Go 설치 관련: https://golang.org/doc/install

Download and install - The Go Programming Language

3. Singularity 관련: https://sylabs.io/singularity/

Singularity

4. Go 관련: https://golang.org/

The Go Programming Language